Stoney gia nhập Chelsea Ladies ở tuổi 12[7] và chuyển đến Arsenal Ladies năm 1999. Cô đã trở thành một cầu thủ Quốc tế người Anh khi cô gia nhập đội Charlton Athletic Ladies vào mùa hè năm 2002 để tìm kiếm cơ hội thi đấu cho đội một. Cô cũng đã nhận được học bổng tại Trung tâm phát triển cầu thủ quốc gia của Hiệp hội bóng đá Anh tại Đại học Loughborough.[8] Trong một mùa giải đầu tiên thành công, Stoney đã dẫn dắt Charlton đến trận chung kết Cúp FA đầu tiên của họ.[9]

Cô góp mặt trong đội hình của Charlton trở thành nhà vô địch FA Women's Premier League Cup năm 2004[10] và FA Women's Cup năm 2005 sau khi Charlton thắng Everton với tỷ số 1–0,[2] cũng như thắng 2–1 trước Arsenal vào năm 2006 ở FA Women's Premier League Cup.[11] Khi Charlton giải thể đội bóng đá nữ bởi đội bóng đá nam Charlton Athletic bị xuống hạng năm 2007, Stoney bày tỏ ý kiến mạnh mẽ:[12]

Tôi ghê tởm với câu lạc bộ - những người đàn ông bị xuống hạng và chúng tôi bị trừng phạt. Danh hiệu duy nhất của câu lạc bộ trong những năm gần đây đã được đội tuyển nữ giành chiến thắng - và trong bốn mùa giải trước, chúng tôi là đội bóng duy nhất ngoài Arsenal giành được danh hiệu lớn. Bảy tuần trước, chúng tôi đã chơi trước một đám đông kỷ lục tại trận chung kết Cúp FA - đó là trận đấu cuối cùng của chúng tôi và tôi hoàn toàn tiếc nuối cho tất cả mọi người ủng hộ phụ nữ. Tôi chỉ hy vọng rằng những gì đã xảy ra với chúng tôi không ảnh hưởng đến các trận đấu của phụ nữ - nếu không nó sẽ gặp rắc rối nghiêm trọng.

Tháng 7 năm 2007, cô ký hợp đồng với Chelsea Ladies cùng với đồng đội của cô ở Charlton đó là Eniola Aluko.[7] Vào tháng 2 năm 2009, cô trở thành cầu thủ kiêm huấn luyện viên cho đến cuối mùa giải sau khi Steve Jones từ chức.[13] Theo lời đề nghị của Stoney, Matt Beard đã đảm nhận chức vụ quản lý cho mùa giải 2009–10.[14]

Vào ngày 13 tháng 3 năm 2010, Stoney đã tuyên bố trên Twitter với các đối thủ chơi ở FA Women's Super League rằng cô đã ký hợp đồng với Lincoln Ladies để chơi bóng cùng với các đồng đội ở tuyển Anh khi đó là Sue Smith và Jess Clarke. Stoney nói rằng Lincoln đã cung cấp một kế hoạch dài hạn hết sức triển vọng mà Chelsea không thể sánh được.[15] Keith Boanas, là nhà quản lý của cô ở Charlton, cho rằng Stoney là một người ủng hộ Chelsea tất nhiên đó là một quyết định hết sức khó khăn.[16] Stoney tái hợp Arsenal trong hai mùa giải từ năm 2014 với mong muốn giành được nhiều danh hiệu hơn.[17]

Vào ngày 13 tháng 12 năm 2016, Liverpool xác nhận rằng Stoney đã ký hợp đồng với câu lạc bộ.[18] Cô chơi trận cuối cùng tại câu lạc bộ vào ngày 21 tháng 2 năm 2018. Sau đó, cô đã nghỉ hưu để đảm nhận vai trò trợ lý huấn luyện viên cho Phil Neville trong Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Anh.[19]